バイオ燃料（バイオねんりょう、英語: Biofuel）とは、バイオマスを利用して作られた燃料全般を言う。穀物などのように、食用としても使える原料を用いて製造した物を、第1世代バイオ燃料と呼ぶ。一方で、木質燃料や廃棄物などのように、非食用の原料を用いて製造した物を、第2世代バイオ燃料と呼ぶ。その構成分子により、気体・液体・固体、いずれのバイオ燃料も製造できる。これらは、いずれも再生可能エネルギーの1つとして扱われる。なお、かつては生命体であったものの、化石燃料はバイオ燃料に含まれない。バイオ燃料は、化石燃料の代替燃料としても扱われる。